Het is twintig jaar geleden sinds Don Diego De La Vega (Anthony Hopkins) zijn laatste heldendaad als Zorro heeft verricht. Maar de onderdrukking duurt voort en hij zal een opvolger moeten vinden die wil vechten voor het Mexicaanse volk. Hij neemt Alejandro Murietta (Antonio Banderas) onder zijn hoede, een struikrover met een 'vaag' verleden. Samen Murietta wordt Zorro, de grootste held die De La Vega eens was. Samen strijden ze voor de vrijheid van het volk en de waarheid omtrent de afkomst van de mooie Elena...