Sophie's Choice vertelt het tragische verhaal van een jonge schrijver die verliefd wordt op een overlevende van de Holocaust. Sophie (Meryl Streep) is een katholieke Poolse die gebukt gaat onder de "keuze" die ze ooit moest maken in een concentratiekamp van de Nazi's. Nu leeft ze in de VS, waar ze valt voor Nathan (Kevin Kline), een charmante maar labiele Amerikaanse Jood met een Holocaust-obsessie. Het koppel raakt bevriend met Stingo (Peter MacNicol), een jonge schrijver die net naar New York City is verhuisd. Al snel wordt duidelijk dat de relatie tussen Sophie en Nathan bedreigd wordt door de spoken uit haar verleden en zijn eigen obsessies.