Pogo Island bestaat uit vijf verschillende puzzelonderdelen: Word Whomp, Poppit!, Phlinx, Tri-Peaks Solitaire en Squelchies. Aan elk onderdeel zit een eilandthema verbonden dat de speler naar een rustplek op een eiland transporteert. Je hebt verder nog een unieke meta-game waar je als speler over het gehele eiland rondzwerft om de Pogo Mascottes te verenigen.
Bij Word Whomp moet je knaagdieren meppen en zoveel mogelijk woorden spellen voor dat de tijd voorbij is. Bij Poppit! krijg je de opdracht om ballonnen van dezelfde kleur te laten knallen. Op deze manier worden verborgen prijzen vrij gegeven. In Phlinx moet je groepjes stenen van dezelfde kleur creeren, power-ups verzamelen en kun je de bonus ronde halen.