In de bundel Tussen vrijheidsstrijd en burgeroorlog zijn vijf van de vernieuwende studies van JJ. Woltjer over de voorgeschiedenis en het begin van de Nederlandse Opstand ('de Tachtigjarige Oorlog') bijeengebracht. De beeldenstorm, Willem van Oranje, de hertog van Alva en de Pacificatie van Gent komen, soms uitvoerig, ter sprake. De nadruk ligt echter niet zozeer op het verhaal maar meer op het zoeken naar de groei van de tegenstellingen en naar de vraag waarom de conflicten zo escaleerden. De vervlechting van de kerkelijke vraagstukken ('de hervorming) met de politieke tegenstellingen speelde hierin een grote rol. Kortom, de schrijver is op zoek naar de dynamiek achter de gebeurtenissen die eerst tot de Opstand en later tot de scheuring van de Nederlanden hebben geleid.