Het team van NCIS zit in een overgangsperiode in het 14e seizoen van dit hoog aangeschreven drama. Special Agent Leroy Gibbs (Mark Harmon) an het Major Case Response Team komen nog steeds in actie waar en wanneer er een misdrijf wordt gepleegd met een link naar de Amerikaanse marine. In dit seizoen komen er twee nieuwe agenten het team versterken: Nicholas Torres (Wilmer Valderrama) en Alexandra Quinn (Jennifer Esposito). Clayton Reeves (Duane Henry), de MI6 agent, staat het team ook bij wanneer het om een zaak gaat met internationale repercussies. Van terroristen en huurmoordenaars tot cyber-aanvallen en anti-overheid milities, geen bedreiging is te groot voor het heldhaftige team van NCIS die er alles aan doen om Amerika een veilige plek te maken.